发酵中药是将天然药物（中药材）萃取液以甄选的肠道益生菌有益菌中一种或几类、一株或几棵益生菌粉做为菌苗，从微生物学、仿生学的方式,根据微生物嫁接法的方法，在身体之外仿真模拟身体的肠胃自然环境和中药材成份在人体内的消化吸收溶解全过程，对获取的中药材成分开展分子生物学转换，将中药材的大分子物质，历经微生物菌种转换变成可以被人体肠道立即消化吸收的小分子水成份，使中药材变成迅速消化吸收、定量分析功效的新型药物。
中药材发醇中药炮制的本质是运用微生物菌种对中药材开展的生物转化，历经发醇能够改变药品药效、提质增效减毒，进而使中药材的药用价值产生变化造成新的成分。与煨、炒、煅、炮、炼、焙、烘、烤等别的中药炮制方式对比，发酵法是在常温常压标准下开展的，反映标准柔和、实际操作简易，另外转换反映中运用了造成于微生物菌种生长发育新陈代谢全过程中的酶，酶可选择性的对底物开展构造装饰，因此能开展一些别的中药炮制方式没法完成的反映，以成本低、少生态危机的优点得到特异性更强、构造更有效的中药材成份。
与别的中药炮制方式对比，发酵中药的优点取决于，微生物菌种能够去除生物大分子残渣，将不可以被身体立即运用的合理特异性成分溶解成小分子水活性物质，进而使发酵中药能被身体迅速消化吸收，进一步提高了药力。在王琳等的试验中，用莱菔子、乌药、莲翘、金银花茶4味中药材发醇灵芝菌，试验结果显示，发醇后灵芝菌的土壤含水量明显提升，与发醇前对比野生灵芝液的去痰止咳化痰功效也大大的提高。
历经发醇，中药材在微生物菌种的功效下有毒物质被溶解，进而药品的毒副作用减少了。以黄连为例子，融合型蒽醌化合物(二蒽醌番泻苷)是其造成泻下功效的主要成分，以便缓解黄连对消化道的这类副作用，临床医学运用中就需要选用中药炮制方式把融合型蒽醌化合物溶解或毁坏掉。有关专家学者研究表明，选用发酵法中药炮制黄连，发醇后融合型蒽醌化合物成分减少，而具备抗肿瘤功效的矿酸型蒽醌的成分提升了6倍，进而改变了黄连的蒽醌类成份的成分，做到了减毒提质增效的功效。
中药材发酵技术是在中药材理论基础上，与当代生物科技极致融合，已逐渐变成中药新药科学研究开发设计的关键方式，为中药材改善制剂、扩张医治范畴及中药新药研制出示了新的方式，因而中药材发酵技术终将有宽阔的发展前途。