这部小说的主题是科学与宗教的论战，这一论战从一开始就没有停止过，几百年前不计其数的科学家遭到教廷迫害，时至今日，是讲授达尔文的进化论，还是宣传上帝创造世界的说法仍是西方大学里争论不休的问题。人类从何而来，世界的起源到底在哪里，这一直是科学与宗教试图解决的问题。
“科学与宗教之间的古老战争已经结束。”教皇内侍说。“你们赢了，但你们没有给出答案，因而赢得并不公平。你们如此激进地重定社会的方向，我们一度视为指路标的真理变得似乎不再适用，就是这样你们才赢的。宗教无法跟上你们的步伐。科学在以指数级的速度迅猛发展。它以自身为能源，如病毒一般。每一项新成就都为更多新的突破提供了契机。我们观看飞碟，热衷于通灵术，灵魂接触，魂游体外，心智活动―所有这些古怪思想都披着一层科学外衣，这些思想真是荒谬至极，他们竟然丝毫不觉羞耻。这都是现代灵魂绝望的呼声，他们孤独而痛苦。因为自身的文明发展以及无法理解任何技术之外的意义，他们感到残缺。”
这个科学之神是谁？那个给人以才智却没有给出道德标准告诉人们如何使用才智的神又是谁？给孩子火却又不警告孩子有危险，这是什么样的神？科学的语言没有任何善恶标准。科学教材教我们建立核反应堆，却从不问我们这个主意是好是坏。教会已经累了，我们一直试图做你们的指路标，现在已筋疲力尽。就在你们盲目追求更袖珍的芯片及更高的利润的时候，我们为呼吁和谐，已经竭尽全力。我们要问的不是为什么你们没有约束自我，而是你们如何才能约束自我？你们的世界转得那么快，哪怕你停留片刻思考一下自己的行为所带来的影响，某些更能干的人就会以迅雷不及掩耳之势将你甩在身后。因此，你们不断前进，你们将大规模杀伤性武器扩散，是教皇云游世界恳请各国领导人限制使用核武器。你们克隆生物，是教会提醒我们考虑这种行为隐藏的道德问题你们鼓励人们利用电话，视频，电脑进行交流。是教会敞开大门并鼓励人们面对面交流，而这也是我们应该做的。你们打着研究治病救人的方法之名，谋杀尚未出世的婴儿，又是教会指出你们的谬论。
一直以来，你们都宣称宗教无知。但不管你信不信，你都要相信这个事实。当我们人类不相信存在比我们强大的力量时，我们就放弃了自己的责任感。宗教信仰，所有的信仰都告诉我们有些事物是我们无法理解的，有些事情是我们要承担责任的。由于有了信仰，我们就会对彼此负责，对自己负责，对一种更高的真理负责。宗教的不完美只是因为人的瑕疵。
如今，这个世上还有许多的宗教信徒，有基督教，有天主教。或许对于大多数相信科学的我们来说，我们不会相信上帝创造了人类。但我们却无法否定是否每人心中都有上帝。相信上帝，但上帝不会让你什么也不做就带你到光明，这只是信仰，信仰上帝，相信你只要努力，他会引你到光明。相信上帝，有信仰，才会有坚持。科学与宗教并不冲突与矛盾。