近年来，审计署不断加强地方审计机关信息化建设力度和规范程度，明确提出各级审计机关特别是基层审计机关应当进一步加大审计信息化推进速度和应用力度，顺应国家电子政务发展趋势，推动地方经济社会发展。但是，随着审计信息化的推广，不少基层审计机关信息化建设也出现了一些问题，主要有以下几个方面：
1审计信息化发展不平衡，重点不够突出地区之间、层级之间、科室之间发展不平衡，在一定程度上存在着重硬件、轻软件，重文字处理、轻审计实施，重设备、轻培训的情况，对整体推进和健康发展产生了一定的影响。在具备一定物质条件以后，没有及时把审计信息化建设的重点转移到审计实施和审计管理的应用上来，开展计算机审计的力度不够大，使用率偏低，用于处理底稿的时候多，而对数据的处理、分析较少。
2人才队伍薄弱，应用效率偏低审计系统的信息化建设虽然经历了多年的发展，但是客观地讲，基层普遍存在的问题就是应用水平低、操作流程生、资源使用率低以及设备维护能力差。对技术人员来说，既要掌握软件支撑环境，又要娴熟掌握操作技巧和流程，还要熟悉相关业务知识，具有非常大的工作量和难度，同时作为基层单位来说，专业出身的计算机技术人员相当匮乏，而既懂计算机又精通审计业务的复合型人才更属凤毛麟角，而且信息技术的更新速度相当快，基层从事信息工作的人员 “再充电”的机会也不多，基层信息工作相当被动。
3 系统软件功能模块未得到全面应用，资源利用率偏低随着“金审工程”一期建设竣工验收，地方各级审计机关都通过加强考核，狠抓应用等方式，强力推进“金审一期”两大系统。但是一味地规范操作，围绕着《审计管理系统》进行机关事务的处理，围绕着《现场审计实施系统》开展审计项目的实施，容易造成审计人员思维的禁锢，流程的僵化，造成软件功能模块不能全面应用，效能不能充分发挥。
针对以上在审计信息化建设中存在的问题，笔者认为基层审计机关应该从以下几个方面应对：（1）思想上高度重视。面对目前的形势，各级审计机关要理清思路，进一步统一认识，信息化建设是科技强审的根本。事关审计质量和审计效率的提高，事关审计人员的职业资格和技能，事关审计机关能力建设。首先各级领导干部要统一认识，高度重视信息化工作，革新传统的思维方式和工作方式，充分利用各类应用系统的数据资源，进行综合分析，总结经验，发现问题，判断趋势，作出决策。其次是岗位人员要从思想根源上统一认识，主动加强应用，重视操作质量，提高数据利用分析能力，逐步形成全员应用、全面应用、全程应用的氛围，以应用促管理。
（2）在学习培训上下功夫。培养一批既精通审计技术和审计管理，又掌握信息化技术，具有信息化思维能力的审计人才，是审计信息化建设的关键。我们一定要转变思路，在提高大部分审计人员和审计管理人员信息化知识素养的基础上，培养业务骨干，使信息化建设和审计事业发展有一个比较坚实而且长效的基础。首先要领导带头，作出表率。领导干部迎难而上，极易带动其他审计人员。其次是坚持以人为本，不断提高队伍素质。采取因人施教、因需施教、分类培训、分层培训和目标考核的办法，将审计业务学习与操作流程有机结合起来，达到理论指导操作、操作落实规范的目的，不断提高岗位应用水平和能力。最后是后续教育要有保障，要保证每年有一定的时间进行后续教育，并加大计算机审计培训的内容和力度。
（3）全面掌握，熟练运用，切实提高，切实保证系统功能充分应用。一是加强审计人员对专用审计软件应用技术的培训力度，使审计人员尽快掌握专用审计软件的使用方法，尽快熟悉信息系统各个模块的功能和作用。全面了解AO系统和OA系统交互及计算机辅助审计的方法、内容、步骤。二是解放思想，大胆创新，要鼓励审计人员在进行计算机审计的过程中，在保证能够熟练操作系统的基础上，不要仅仅拘泥于按照流程规范操作，对系统中各个模块的功能和作用，要善于摸索，及时总结，开放思维，勇于创新，确保系统各功能模块得到全面应用，效能得到充分发挥。
通过各级审计机关的不懈努力，达到增强审计机关在计算机环境下查错纠弊、规范管理、揭露腐败、打击犯罪的能力，维护经济秩序，促进廉洁高效政府的建设，更好地履行审计法定监督职责的目的。