1、劳动合同中如果约定补充协议和合同本身有同等效力、且你在补充协议上签字的：
（1）补充协议和劳动合同同样有效。
（2）如果二者的约定发生矛盾：应以后签的补充协议为准，视为双方在签定劳动合同后用补充协议对原合同的修改。
2、但你的情况，貌似补充协议与劳动合同并不矛盾：约定的年薪12万并没有改变，只是年薪的发放方式有所变化，变为月发放＋年终一次性发放相结合，是对原合同的细化，貌似并不违法。
3、这样约定不违法，补充协议也不违法，但补充协议一般也应到劳动局备案，只是查得没有劳动合同严。
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