实际上，美国炸中国大使馆并不是一时的冲动，而是有着非常涉及到美国军方根本利益的原因。这并不是因为中国在国际舆论上支持南斯拉夫而让美国“不痛快”或美军导弹“找不着北”如此简单的表面现象所创设的理由。其真实的内幕情况是：彻底摧毁中国所得的F-117的残骸，这可是当时美国号称世界上最先进的隐型战斗轰炸机
在当时南斯拉夫境内，美国的F-117隐型战斗轰炸机被击落后，中国马上向南政府提出要求，是否能够把F-117的部分设备和残骸供中国研究，甚至出钱买也可以，在中国和南政府达成协议后，南政府把F-117的导航设备、带有隐型涂料的表皮残骸、发动机喷口耐高温部件在秘密状态下移交给了中国，就放在中国驻南斯拉夫大使馆的地下室供中国的军事专家研究。
然而中国的军事专家一开始并不知道，F-117的导航设备装有保密自毁装置（如果该机坠毁，自毁装置将自爆并炸毁导航系统中最重要的部件）。
但是，问题发生致使美国人失望：F-117坠毁后，自爆装置失灵。值得美国庆幸的是，美国人做事情也有后招，导航系统内部内嵌式电源仍在工作，并且不间断的发出其定位信息，这使得美国人在很短时间内找到了F-117残骸的精准位置。虽然中国人发现后迅速断掉了电源，但为时已晚。美国人还是获悉了这一情况。
可想而知，美国军方发现了当时F-117的位置后是大吃一惊，决定不惜一切代价阻止中国人了解到美国的军事核心机密。当时美国人有多种方案可供选择（包括派海豹部队夺回等），但最后美国军方选择导弹袭击，估计是因为这种方式容易在外表上造成美国对中国在国际上支持南政府而表示出非常不满或“也有可能”导弹失灵所致，但真正意图是彻底摧毁中国所得的F-117的残骸。
这就解释了为什么有一枚激光制导炸弹要直接穿过几层楼打到大使馆地下室的原因，但问题的关键是，美国人又一次失望了。事实上那枚炸弹落下后居然没起爆，中国人最终还是取回了F-117的部分部件，极大帮助了中国隐型飞机的研制。
在中国的一次某海军将领的私人聚会上，有人感叹：“虽然我们有人牺牲了，但是我们隐型材料的研制进度一下提高了十年都不止，这种进步，是以血和国际上的屈辱换来的。”