《招标投标法》第四十六条规定“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。按照上述法律和司法解释的规定，中标合同签订备案后，当事人不得就合同中的实质性内容另行约定，应以中标合同为准。当然，这并不是说合同签订以后就不能变更了，建筑施工合同有其特殊性，在合同履行过程中，有可能因各种原因发生设计的变更或者工程量的增减，这时就涉及到合同实质内容的变更。按照合同法的规定，合同签订以后可以变更，但这种变更同样要履行法定的程序，需要再次备案，只有进行了重新备案后，才能作为合同结算的依据。在实践中，有的承包人出于无奈或为了承包工程而不得已在中标以后签订更改原合同实质内容的补充协议，也就是所谓的黑合同。这种不是在履行合同过程中变更的合同实质性内容，而是为了规避行政部门的监管签订的补充协议，违反了《招标投标法》的强制性规定，应当认定为无效合同。上述最高院司法解释第21条是对为规避法律和政府的相关规定当事人的不正确的“真实意思”的干预。因此，履约过程中如果签定了与中标合同实质性内容发生变更的补充协议是否有效的的关键是要有法定的事由并同样办理备案手续。
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