土地使用权变更登记是指在初始土地登记之后，单位、集体或个人使用的国有土地、集体土地发生权属转移或用途改变而办理的登记。未按规定办理变更登记的，其土地使用权不受法律保护。
一、申请。由用地者填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容，同时提供下列证明材料：
(一)因土地有偿出让、转让引起国有土地使用权转移的，应提交出让、转让合同及有关批准文件。
(二)用出让、转让获得的土地使用仅进行抵押、或因抵押终止引起权利消失的，应提交抵押合同和有关批准文件。
(三)因买卖、转让地上建筑物、附着物引起土地使用权转移的，应提交地上变更后的房屋所有权证书等。
(四)因继承地上附着物引起土地使用权转移的，应提交地上建筑物的建筑物产权证明及公证机关有关继承权的公证书。
(五)机构调整、企业兼并等引起土地权属变更的，应提交有关领导部门的批准文件和原土地证书。
(六)因处分抵押财产引起土地使用权转移的应提交有关的证明文件。
(七)商品房预售，预售人应在预售合同签定后三十日内，将预售合同报土地座落区县土地管理部门备案。
(八)划拨土地使用权依法办理土地使用权出让手续的，应提交土地使用权出让合同、出让金缴纳凭证及原土地证书。
(九)土地使用者、所有者和土地他项权利者更改名称、地址的，应提交有关证明文件和原土地证书。
(十)国有土地的用途发生变更的，应提交土地管理部门的批准文件和原土地证书。
二、变更地籍调查。根据土地使用者土地变更登记申请的内容项目进行实地调查审核权属并进行地籍测量。
(一)权属审核。核实法人身份证明与申请书上的法人、委托代理人身份证明与委托书上的姓名是否一致。在土地使用者相邻双方在场的情况下共同确认变更后新界线、并将调查结果填入调查表内，同时让相邻者在表上签字、盖章。
(二)地籍测量。对变更后新产生的宗地的形状、界址点、界址线的位置、宗地面积、地籍图等进行准确的测绘、计算；同时对原宗地的界址点、界址线的位置、宗地面积、地籍图等要进行相应的修测。
(三)注册登记。变更登记申请经过变更地籍调查之后，其成果经检查验收，达到依据充分、权属合法、界址清楚、面积准确的要求，便可上报区县或市人民政府审核、批准，更改或重新填写土地登记卡、归户卡。
(四)填发土地证书。属于权属变更的要更换土地证书。