中国抗生素滥用的根本原因，是制度缺陷、监管不力。按照目前的态势发展，新的超级细菌还会陆续出现，10～20年内，现在所有的抗生素对它们都将失去效力。
2009年春节后不久，北京协和医院感染内科的主任医师刘正印碰到了一个棘手的病人。患者是重症监护病房一名年仅21岁的女孩儿，刚刚接受了肺移植，但是医生就在她的胸水和痰液中发现了高度耐药的鲍曼不动杆菌。“它能抵抗我们手头的几乎所有抗生素。”刘正印对记者说，这种微生物仅对一种名叫多粘菌素的药物敏感。多粘菌素是一种很老的抗生素，“但由于对肾脏有严重的损伤，早已退出市场”。事实上，即使能找到多粘菌素，刘正印也不敢用，因为病人恰巧患有肾功能衰竭。“拿到化验报告后，我边看边问自己，还有什么办法能对付这种超级细菌呢？”这位传染病专家回忆说。
所谓超级细菌，是指那些几乎对所有抗生素都有抵抗能力的细菌，它们的出现恰恰是因为抗生素的使用。刘正印说，这名携带超级细菌的患者，在13岁时就被诊断出肺部囊性纤维化——这是一种极易受到细菌感染的疾病。因此，在过去的8年，“她一直在反反复复地使用各种抗生素”。大量的抗生素虽然杀死了无数试图侵蚀女孩的细菌，但也“锤炼”出了不再害怕它们的超级细菌。
这已不是刘正印第一次遇到超级细菌了。他告诉记者，如今超级细菌的名单越来越长，包括产超广谱酶大肠埃希菌、多重耐药铜绿假单胞菌、多重耐药结核杆菌。其中，最著名的一种是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(简称MRSA)。金黄色葡萄球菌是一种常见的病菌，可引起皮肤、肺部、血液、关节感染。当年，弗莱明偶然发现青霉素时，用来对付的正是这种病菌。
在抗生素发现之前，金黄色葡萄球菌是医院的主要杀手之一，医生拿它根本没有办法。青霉素的问世，使它的猖獗有所收敛。但是随着青霉素的广泛使用，某些金黄色葡萄球菌开始出现了抵抗力，能产生青霉素酶，破坏青霉素。为了对付耐药的金黄色葡萄球菌，科学家又研制出一种半合成青霉素，即甲氧西林。1959年应用于临床后，取得了很好的疗效。然而，道高一尺魔高一丈，仅仅时隔两年，在英国又出现了耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌——MRSA。
MRSA对许多抗生素都有耐药性，进化出来后，以惊人的速度在世界范围内蔓延。据估计，每年大约有数十万人因此而住院治疗。
中国尽管到了20世纪70年代才发现MRSA，但这种超级细菌蔓延的速度却十分惊人。1978年，医务人员在上海抽检了200株金黄色葡萄球菌，分离出的MRSA还不到5%。“而现在，MRSA在医院内感染的分离率已高达60%以上。”北京大学临床药理研究所肖永红教授告诉记者。他刚刚完成了一份针对中国抗生素滥用问题的研究报告。这意味着，在医院的病人体内，有超过六成的金黄色葡萄球菌，是难以杀灭的MRSA。与MRSA同样具有强耐药性的泛耐药肺炎杆菌、泛耐药绿脓杆菌，则对所有已知的抗生素耐药，它们被称为超级细菌。
2006年10月，肖永红承担了中国科学技术协会的重大政策性研究课题抗生素滥用的公共安全问题研究。课题组对北京、湖北、四川、山东、宁夏五省市区的调查显示，目前国际医学界公认的超级细菌在中国已经十分普遍，它们已经成为医院内感染的重要病原菌。
事实上，医院正是超级细菌产生的温床。美国传染病学会前主席罗伯特·莫勒林说，MRSA最早就出现在重症监护病房中。10年以前，有关它的所有病例，都发生在医院或者疗养院里。
“它们之所以在医院里流行，是因为那里使用抗生素频率与强度最大。”肖永红说。他们调查发现，在中国住院患者中，抗生素的使用率达到70%，外科患者更是几乎人人使用，比例高达97%。
“由于缺乏相关知识，人们常认为抗生素就是退烧药、消炎药。能用高档的就不用低档的，能合用几种抗生素就不单用一种，能静脉滴注就不口服。这些做法无不助推了超级细菌的肆虐。”卫生部抗菌药物临床应用监测中心顾问专家、来自复旦大学附属华山医院抗生素研究所的张永信教授惋惜地说。
与此同时，不论是医生还是患者都乐意使用新型、广谱抗生素，而这些本来是应该用于严重感染、挽救患者生命的。肖永红说，医院使用最多的10种抗生素中，超过一半都是新型抗生素。
耐药性越强，意味着感染率和死亡率越高。肖永红等专家调查发现，在住院的感染病患者中，耐药菌感染的病死率(11.7%)比普通感染的病死率(5.4%)高出一倍多。也就是说，如果你感染上耐药菌，病死的几率就增大了一倍。
据此推算，2005年全国因抗生素耐药细菌感染导致数10万人死亡。
抗生素，中国人习惯叫消炎药，作为家庭的最常备药，人们只要有点儿头痛发热，都会习惯性地吃上几片。“可以说，当今几乎没有一个人一辈子未曾用过抗菌药。”张永信教授这样介绍抗菌药物。以拥有1600万人口的上海市为例，近五年的抽查发现，40多家样本医院使用的各类药物中，抗菌药物的费用高居首位，年消耗5亿～9亿，约占全部药品费用的1/3。
在所有药品里，消费前十位中，抗生素占去半壁江山，如头孢拉定、头孢曲松、环丙沙星、左氧氟沙星等。“由这些数据可见，抗菌药是何等常用。感染虽然仍在威胁着我们的健康与生命，但毕竟已不是国人死亡的首要病因，其药费却仍占首位，那就难以解释了。”张永信说，对于当今抗菌药物，尤其是抗生素，人们需要有正确的认识。
据1995～2007年疾病分类调查，中国感染性疾病占全部疾病总发病数的49%，其中细菌感染性占全部疾病的18%～21%。也就是说，真正需要使用抗生素的病人数不到20%，80%以上属于滥用抗生素。
在肖永红看来，中国是世界上抗生素滥用最严重的国家。由于抗生素滥用，在中国，细菌整体的耐药率，要远远高于欧美国家，大约在45%。