一般程序是审计组长根据回复意见，制作采纳意见书。采纳意见书有两类内容，一是采纳被审计单位意见，那么需要作审计报告修改稿；二是不采纳被审计单位意见，那应得对为什么不采纳逐项说明原因。然后，根据征求意见稿（或者修改稿）、采纳意见书形成审计报告代拟稿。然后将审计项目实施以来所形成的所有资料送审理部门进行审理。根据审理意见，制作采纳意见书，也是分采纳和不采纳两类，一般都应当采纳审理意见，对代拟稿进行修改。修改后的代拟稿送分管领导审核（重大项目和重大问题可能要经审计委员会研究，是否重大分管领导会把握或有单位制度规定，当然这种分管领导的审核和审计委员会的研究在审计期间也可能在实施）。经分管领导审批后就可以出正式报告了，同时可能需要出审计决定书、处罚决定书、审计结果报告、移送处理书等。
其实在审计署8号令里有明确规定，各级审计机关很多也有更细化的规定。
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