1、严格落实防疫工作目标责任管理。各级人民政府要高度重视动物防疫工作是事关社会全局的大事，切实把动物防疫工作纳入议事日程中来，乡镇要严格执行“政府与村委、畜牧部门与防疫员”之间分线签订动物防疫工作目标责任书，形成齐抓共管，真正做到责任落实到位，任务分解到位，目标考核到位。把“政府保密度，部门包质量”口号真正落到实处，各级政府不能简单的将目标责任书签到下级就算完事，而应切实加大对动物防疫工作实施全程跟踪督查力度。以确保免疫质量，降低疫病发生风险，建立健全动物防疫工作长效机制。
2、加强基层防疫队伍技术培训。为了更好地开展防疫工作，每年应组织乡村兽医、执业兽医、养殖专业大户等集中举行1—2次培训，通过邀请专家、教授进行畜牧饲养管理、疫病防治、防检疫技能、畜牧新技术、养殖风险规避等方面的培训，以提高基层畜牧队伍的整体素质，逐步打造一支高素质的基层畜牧兽医人员，不断提高动物防疫的科技含量，确保防疫工作科学规范开展。
3、加大财政投入，建立保障机制。一方面要加大基层设施建设经费投入。建议出台相关政策，将乡镇站工作经费、基础设施建设、村级兽医工作室和无害化处理场所等公共事业纳入财政全额预算，推进乡镇动物防疫体系建设，夯实动物防疫工作基础。另一方面要加大免疫副反应和无害化处理经费投入。建议上级应足额安排免疫副反应和无害化处理补助经费，直接划拨到乡镇畜牧兽医站，严格执行“专款专用”。以便发生副反应时，能及时兑现给养殖户，从而消除养殖户与防疫员之间的矛盾。当养殖户平时发生畜禽病死时，可参照农业保险赔付标准，在作无害化处理后，实行现场况现补偿费。养殖户自然就不会随意乱扔畜禽尸体，无害化处理才会真正发挥作用，这样才能大大减少动物疫病传播的风险。最后，应加大村级防疫员工作经费投入。目前，各地均采取与村级防疫员签订季节性用工合同，劳动报酬相当低下，平均每年劳务费收入不足3000元，如果自行解决养老保险、医疗保险和工伤保险等福利，其工资多半显负数，但从村级防疫员使用性质来看，根据上级要求，防疫工作必须实行“春秋普免与平时补免相结合”，再加上疫情报告、畜牧统计、协助产地检疫等工作任务，无形之中又变成了常年用工。建议国家出台村级防疫员管理办法，明确其工作性质，妥善解决其劳务费、养老保险、医疗保险和工伤保险等问题，以便防止基层防疫队伍出现“青黄不接”的现象。