内镜消毒时宜选择的消毒剂是戊二醛。根据《软式内镜清洗消毒技术规范》，软式内镜的消毒剂建议选用邻苯二甲醛、戊二醛、过氧乙酸、二氧化氯、酸性氧化电位水、复方含氯消毒剂。
内镜消毒需要注意什么
内镜消毒需要严格遵守内镜清洗消毒原则，并且配备相应的内镜及清洗、消毒设施，以进行正确、彻底的清洗，这样才能达到高水平消毒或灭菌。
内镜消毒时，应当正确选用消毒剂及选择正确的消毒方法，严格按照我国《内镜清洗消毒技术操作规范》规定进行。
内镜消毒后，需要注意内镜储存，也就是储柜应保持清洁干燥防霉，灭菌内镜及附件按无菌物品要求储存。
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