严格来说，该承包合同确实为无效合同。
《土地管理法》第十五条 农民集体所有的土地由本集体经济组织以外的单位或者个人承包经营的，必须经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。
《农村土地承包法》第四十八条 发包方将农村土地发包给本集体经济组织以外的单位或者个人承包，应当事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。
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但是，在现实情况中，几乎大多数农业承包合同未按以上规定办，基本都是和村委会直接签订。
在司法实践中，法院也很少依据该规定判决合同无效。
而最重要的是，是否有合法有效的登记凭证，即政府土地管理部门批准的土地使用权证或者林权证。（如果没有，此事基本无望。下文可略过。）
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首先应当与村委会进一步协商；其次可以到镇政府或者县政府调解；最后到法院以诉讼途径解决。
可以考虑提出的调解或抗辩事由：
1、拥有合法有效的土地使用权证或者林权证。即该土地租赁使用关系已经得到官方部门的批准；
2、合同签订于2003年，而法定的诉讼时效为2年。对方不能再主张合同无效；（对无效合同的诉讼实效没有法定解释，在实践中有两种做法。对方的主张有可能被以超过时效的理由驳回。仅是可能。）
3、合同已经事实履行多年，但对方一直未提出异议，可以推定村委会和村民已经认可了该合同的效力。不能因为新的村委会干部上任而否决已经事实存在且已被肯定的合同关系；
4、地块租赁使用以来，进行各种建设，投入较大，成果显著，对土地的利用良好，发挥了土地的价值……对本村有益而无害；同时，如果现在撤出，将让已生长的作物毁于一旦，多年经营成果付之东流，不利于土地的利用……对本村也有害而无益。
为了有效地利用土地、保护已稳定的土地承包关系以及平衡本村和承包人的权益，避免造成土地浪费、土地流转关系的不稳定乃至矛盾激化，希望同意继续履行该租赁合同。承包方可提高土地租赁金，并依法进行合同内容变更登记。