鲜花的颜色很多是因为鲜花中含有各种色素，这其中最主要的是花青素和类胡萝卜素。花青素是形成鲜花色泽最主要的色素，它就像一条变色龙，对温度、酸碱度很敏感，只要周围环境稍一变化，它就会随之发生改变。遇到酸性物质时，它会变成红色，酸性愈强，颜色愈红；在中性溶液中，它呈现紫色；遇到碱性物质时，它会变成蓝色， 碱性较强时，则变成蓝黑色。有些白花，如菊花，萎谢之前微染红色，说明这时它也含有少量的花青素。
更为神奇的是，有些鲜花的颜色可以一日三变，如牵牛花的花瓣在清晨是粉红色，之后变成紫红，最后变成蓝色，这也是因为一日之内花瓣细胞液的酸碱度和温度发生了变化， 花青素随之变化所致。万紫千红，原来都是花青素在不同的酸碱反应中呈现出来的颜色。
如果鲜花的颜色是黄色、橙黄色、橙红色，那是因为这些花里含有类胡萝卜素。类胡萝卜素是广泛存在于花瓣中的第二类色素，这种色素色如其名，呈现出的色彩类似胡萝卜的颜色。目前已经发现的类胡萝卜素有600多种，不同种类的类胡萝卜素能使花显出黄色、橙黄色、橙红色等。此外，影响鲜花颜色的色素还有类黄酮、醌类色素、甜菜色素等。
人工选择大大丰富了鲜花的颜色，并且能够在较短时间内取得显著成果。如牡丹，其最早花色只有粉红一种，经过人工栽培，在北宋中叶，几十年功夫就由粉红创造出深红、肉红、紫色、墨紫、黄色、白色等各种颜色；又如虞美人，经过人工培养，目前花色已经有红色、黄色、橙色、白色、蓝色等。所以，多种颜色的鲜花既是大自然的杰作，也是人工培育的成果。
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