(一)党管武装不断加强并有新的发展，但长期相对和平环境对国防观念冲击较大，国防观念淡化和基层机构、功能萎缩的问题不容忽视。部分干部群众的国防观念有所淡化。少数地方领导对党管武装原则和后备力量建设重要性缺乏足够的认识，没有把武装工作纳入职责范围;有的单位和领导不能正确处理后备力量建设与经济建设的关系，把民兵工作当作负担，视为包袱，关心支持不够;有的企事业单位领导片面认为，民兵预备役工作是军队的事，自身工作不积极、不主动、不落实。企事业单位武装机构受到较大冲击。近年来，镇(处)配套和企事业单位在改革改制过程中，精简机构、裁减人员、剥离社会职能已成为共同发展趋势，受此影响，一些企事业单位武装部应单设的合设了，应合设的撤销了，应成立的也不设立了。基层武装工作阵地缩小、武装机构功能萎缩。由于农村兵员大量外出，国有企业民兵数量逐年减少，加之民营、社区、高等院校和开发区武装工作没有及时跟上，基层武装工作阵地逐渐缩小，基层武装部平时担任战备值勤和开展大项活动较少，地位作用发挥不明显，武装部走向“边缘化”。
(二)市场经济发展为民兵预备役建设和国防动员工作注入了生机活力，但民兵预备役和国防动员自身改革明显滞后于国家的改革，一些深层次的矛盾更加凸显。坚持普通民兵制度与我国经济社会结构变化的矛盾日益突出。随着市场经济的深入发展，原有的生产、行政组织发生了较大变化，将符合条件的男性公民都编入民兵组织的普通民兵制度遇到了空前的挑战。作为民兵工作基础的农村民兵因兵员流动，许多营连已成空壳或半空壳状态。作为城市民兵工作主体的国有大型企业，现有民兵数量较前锐减。专武干部、民兵连长使用管理的特殊性与国家人事制度改革的矛盾日益突出。目前，乡镇(街道)配备专武干部大多没有考虑军事工作的特殊需求，都从统一招考的公务员和地方大学选调生中选配，许多人武学院毕业的优秀学员，因为学历达不到“大本”而被排除在公务员招考之外，进不了专武干部队伍，从而制约着现阶段武装工作的开展。
还有一个问题是，一些乡镇街道在落实武装部长参加同级党委的精神上走了样，不是先产生武装部长尔后参加党委，而是指定党委成员出任武装部长，这种“倒兼”现象使他们很少有时间和精力抓武装工作。农村行政村只设村支书、主任和文书，民兵连长由专职变为兼职，农村民兵工作受到削弱。传统的民兵工作机制与依法行政的矛盾日益突出。目前，民兵工作运行机制还没有完全从一般战争和计划经济传统束缚中摆脱出来，思想观念和工作方法比较陈旧，开展工作靠行政命令多，依法律规章少;靠关系感情多，依工作程序少，与市场经济、社会法制化要求不相适应。条块分割管理方式与资源优化配置的矛盾日益突出。现有民兵建设方面资源多按条块分割模式配置管理，呈现出“小、散、全”的状况。如县级民兵训练基地都是单独管理，本地使用，功能单一，只能担负共同科目和一般专业训练，无法满足高科技专业分队和军兵种分队训练要求，且平均年使用期很短，综合效益难以发挥。这与现代社会资源整体规划、综合集成、功能互补、统建共享、联合保障的路子格格不入。